Eine Orgel ist in Mariazell erst mit Beginn des 16. Jahrhunderts nachgewiesen. Im Zuge des Umbaus und der Erweiterung der Kirche in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts beauftragte man eine Orgel, die unter Verwendung alten Pfeifenmaterials 1689 fertiggestellt wurde.
Das Instrument, dass auf der Westempore 1912 hinter dem barocken Korpus der "Sonnholtz-Orgel" aus dem Jahre 1740 eingebaut wurde, wurde als irreparabel bewertet und musste deshalb komplett erneuert werden.
Die "neue" Hauptorgel hat nun über 55 Register, 3 Manuale und eine Pedal-Klaviatur. Die kleinste Pfeife hat eine Länge von nur 4,5 mm (!), die längste misst 5,13 m. Das neue Instrument wurde von den Orgelbauern Mathis (CH) und Pflüger (Vorarlberg) gebaut, der Korpus und das barocke Rückpositiv wurde von den Restauratoren Stepan und Leodolter restauriert.
Als Musikinstrument der "vorderen Kirche" wurde eine neue Orgel gebaut. Für dieses Instrument sollte eine klare und moderne Lösung gefunden werden. Die äußere Gestaltung der Orgel nimmt gleichermaßen auf technische Vorgaben wie auf die örtlichen Gegebenheiten Bezug. Sie ist im Gesamtkontext der Nordwand des Kuppelraumes als nichtsymmetrisches plastisches Bild zu sehen, wie die aufwendig restaurierten großformatigen Votivbilder und räumlich als integraler Teil der Liturgie – hingeordnet auf den Zelebrationsaltar.
